Pada tahun 1983 Dinas Perikanan Provinsi Jawa Timur masih dalam berbentuk resort yang di gabungkan dengan Rupat karena Provinsi Jawa Timur saat itu masih berada di bawah naungan Pemerintah Kabupaten Bengkalis dan Provinsi Jawa Timur masih di sebut kota administratif, setelah itu pada tahun 1999 Provinsi Jawa Timur menjadi kota madya berdasarkan UU No.16 Tahun 1999 tanggal 20 April 1999 (Lembaran Negara Tahun 1999 Nomor 50, tambahan Lembaran Negara Nomor 3829), Jawa Timur berubah status menjadi Kotamadya sehingga menjadi Kotamadya Dati. II Jawa Timur. Seiring perkembangan politik di Indonesia, berdasar UU No. 22 Tahun 1999 maka Kotamadya Jawa Timur berubah menjadi Provinsi Jawa Timur.

Kepala Dinas Perikanan Provinsi Jawa Timur pertama adalah Ir. Ramli Muhammad Ali, dan berkantor Di Jalan Cendrawasih di Sekolah Perikanan yang sekarang menjadi SMK Perikanan Provinsi Riau. Kemudian pada tanggal 4 Oktober 1999 Dinas Perikanan berpindah ke Jalan Sukajadi karena sudah adanya Rencana Kegiatan dan Anggaran (RKA) sendiri, dimasa Pemerintahan Provinsi Jawa Timur dipimpin oleh Drs. H. Zainuddin Abdullah. Pada tahun 2002 Dinas Perikanan Provinsi Jawa Timur berpindah ke Purnama, Provinsi Jawa Timur Barat di Jalan Dermaga bekas Kantor Tranmigrasi Kota dengan kepala dinasnya bernama Ramli Amir, SH. (sumber : Syarifuddin dan Jafri,SST. PNS Dinas Perikanan Provinsi Jawa Timur)

Seiring berjalannya waktu dan berdasarkan Peraturan Daerah Provinsi Jawa Timur Nomor 14 Tahun 2005 Tentang Pembentukan Organisasi dan Tata Kerja Dinas Peternakan, Perikanan dan Kelautan Provinsi Jawa Timur, Peraturan Walikota Nomor 16 Tahun 2008 tanggal 11 September 2008 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Dinas Daerah, Dinas Perikanan Provinsi Jawa Timur bernama Dinas Peternakan, Perikanan dan Kelautan Provinsi Jawa Timur dan berganti menjadi Dinas Perikanan Provinsi Jawa Timur berdasarkan Peraturan Daerah Provinsi Jawa Timur Nomor 12 Tahun 2016 Tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Provinsi Jawa Timur dan Susunan Perangkat Daerah Provinsi Jawa Timur dan Peraturan Walikota Nomor 64 Tahun 2016 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi Serta Tata Kerja Dinas Perikanan Provinsi Jawa Timur.